Обучение в магистратуре направлено главным образом на систематизацию и дополнение знаний и умений, полученных на бакалавриате. На ряду с этим обучающиеся ведут активную исследовательскую деятельность. Магистранты осваивают навыки планирования, постановки и проведения химического синтеза, а также оценивают результаты, полученные в ходе исследований, используя различные инструментальные методы. На основании аналитических и экспериментальных данных обучающиеся готовят отчеты о научно-исследовательской деятельности, пишут научные статьи и доклады для выступления на конференциях.
Среди основных изучаемых дисциплин можно выделить следующие: